법무법인(유) 화우

대법원 전원합의체는 2025. 9. 18. ‘국내 미등록 특허권의 특허기술이 국내에서 사용되었다면 그 대가인 사용료는 국내원천소득에 해당한다’고 판시하였습니다. 이는 1992년 이래 30여년 동안 ‘국내 등록되어 있지 않은 특허 사용에 대한 대가는 국내원천소득이 될 수 없다’는 종전 대법원 판결들을 모두 변경하고 원심판결을 파기환송한 것으로서 파장이 예상됩니다.

앞으로 미국법인에게 특허 사용료를 지급하는 기업들은 국내 사용분에 상응하는 대가에 대하여만 원천징수를 해야 하고 미국 법인과 특허 라이선스 계약을 체결하는 기업들은 계약 체결 시 원천징수의 범위를 어떻게 할 것인지 등에 관한 규정을 보다 명확히 해 둘 필요가 있습니다.

1. 사안의 배경 및 쟁점

2. 법원의 판단

3. 시사점

1. 사안의 배경 및 쟁점

한국법인 S(이하 ‘원고’)는 2011년경 미국 법인으로부터 미국에서 특허 침해소송을 제기 당하였고 2013년 12월 미국에 등록된 특허권에 대해 사용료를 지급하고 전 세계적인 라이선스를 부여받는 내용의 화해 계약을 체결하며 소송을 종결했습니다.

원고는 해당 사용료에서 법인세 3억 원을 원천징수하여 한국 국세청에 납부한 후, ‘국외에 등록되었으나 국내에 등록되지 아니한 특허권에 대한 대가는 국내원천소득이 아니라고 주장하며, 2015년 6월 피고에게 원천징수분 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였습니다. 피고는 2019년 2월 원고의 경정청구를 거부하는 처분을 내렸고, 이에 원고가 불복하여 이 사건 소를 제기하였습니다.

이 사건의 쟁점은 해당 특허권이 국내에 등록되어 있지 않더라도 그 특허 기술을 국내에서 사용한 것에 대한 대가를 지급하였다면 그 대가를 국내원천소득으로 보아야 하는지 여부입니다.

2. 법원의 판단

가. 원심의 판단

원심(수원고등법원)은 특허권 속지주의에 근거하여 국내 미등록 특허권의 국내 사용을 관념할 수 없다고 본 종전 대법원 판례의 입장에 따라, 이 사건 사용료가 국내원천소득에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 즉, 해당 특허기술이 국내 제조·판매 과정에 사실상 사용되었는지 여부를 따질 필요 없이, 국내에 등록되지 않았다는 이유만으로 과세 대상이 아니라고 본 것입니다.

나. 대법원의 판단(다수의견)

대법원 전원합의체는 ‘국내 미등록 특허권의 특허기술이 국내에서 제조·판매 등에 사용되었다면 그 대가인 사용료는 국내원천소득에 해당한다"고 판시하며, 이와 다른 취지의 종전 대법원 판결들을 모두 변경하고 원심판결을 파기환송했습니다.

대법원 전원합의체 다수의견은 다음과 같은 이유를 제시했습니다.

• 특허권의 법적 효력은 등록된 국가로 제한되지만(속지주의), 특허의 대상이 되는 제조방법, 기술, 정보 등 '특허기술' 자체는 국경과 무관하게 어디서든 사용될 수 있다고 보았습니다.

• 한미조세협약 제14조 제4항은 사용료의 대상을 특허, 저작권, 노하우, 지식, 기능 등 다양한 무형자산으로 열거하고 있는데 이들 무형자산에 공통적으로 적용될 수 있는 '사용'의 의미는 등록을 통해 발생하는 독점적 권리 자체의 사용이 아니라, 그 내용을 이루는 '기술이나 정보 등의 사용'으로 해석하는 것이 조항의 체계에 부합한다고 판단했습니다.

• 특허권 속지주의는 특허권의 효력 범위와 침해 여부를 판단하는 기준일 뿐, 특허기술의 사용지를 제한하는 원칙은 아니라고 하면서 국내 기업이 사업상 필요에 의해 국외 특허권자와 계약을 맺고 국내 미등록 특허기술을 국내에서 사용하는 것은 얼마든지 가능하며, 이러한 계약이 속지주의에 위배되지 않는다고 보았습니다.

• 위와 같은 논리에 따라, 한미조세협약의 문맥상 국내세법의 적용을 배제할 특별한 근거가 없으므로 '국외 등록 특허권이라도 국내 제조·판매 등에 사용되면 국내에서 사용된 것으로 본다'고 규정한 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문 규정이 그대로 적용되어야 한다고 판시했습니다.

결론적으로, 대법원은 국내 미등록 특허권이라도 그 대상 기술이 '국내에서 사실상 사용되었는지'를 기준으로 국내원천소득 해당 여부를 판단해야 한다고 보아 기존 대법원 판결을 모두 변경한 것입니다.

3. 시사점

가. 종전 판례의 태도

과거 대법원은 특허권 속지주의를 엄격하게 적용했습니다. 특허권은 등록된 국가 내에서만 배타적 효력을 가지므로, 국내에 등록되지 않은 특허권의 '사용'은 국내에서 개념적으로 성립할 수 없다고 보았습니다. 이에 따라 국내 기업이 미국 특허권자에게 관련 사용료를 지급하더라도, 이는 국내원천소득이 아니므로 과세할 수 없다는 입장을 일관되게 유지해왔습니다(대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두8641 판결 등 참조).

나. 대상판결의 의의 및 시사점

이번 전원합의체 판결은 30여년간 유지되어 온 판례를 변경한 것으로서 '특허권의 사용'과 '특허기술의 사용'을 구분하여, 조세법 영역에서는 법률적 권리의 효력 범위보다 경제적 실질, 즉 '기술이 실제로 사용된 장소'가 과세권의 기준이 되어야 함을 명확히 했습니다.

이 판결로 인해 앞으로 과세관청은 외국법인에 지급하는 특허 사용료에 대해 해당 특허의 국내 등록 여부와 관계없이, 그 기술이 국내 사업 활동에 실질적으로 사용되었는지를 따져 적극적으로 과세할 것으로 예상됩니다. 따라서 국내 기업들은 해외 특허 라이선스 계약을 체결하고 사용료를 지급할 때, 해당 기술의 국내 사용 여부를 면밀히 검토하여 원천징수 의무 이행에 신중을 기해야 할 것입니다.

이번 판결은 경제적 실질을 강조하며 국부유출 방지를 추구한 것으로 보이지만, 국내 사용분의 증명책임 문제와 법적 안정성 훼손 등 여러 현실적인 문제를 남겼습니다. 이는 향후 파기환송심에서 다시 논의될 가능성이 높으며, 조세 정책 및 국제 투자 환경에 중대한 영향을 미칠 것으로 보입니다.

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